Die Welt wird regiert vom mächtigen Anführer der Roboter, Braiking Boss, nachdem seine mechanischen Schergen die Menschheit besiegt hat, die wiederum ein mysteriöses Mädchen namens Luna anbeteten, die sie von der Geisel der Roboter befreien sollte. Doch dies rief Braiking auf den Plan, drei seiner fähigsten Cyborgs auszusenden, die schwelende Gefahr im Keim zu ersticken. Casshern, einem der drei Cyborgs, gelang es, Luna auszuschalten, was die fortschreitende Vernichtung der gesamten Welt auslöste.
Jahrzehnte später, während die Menschheit kurz vor ihrer völligen Vernichtung steht, erscheint Casshern erneut. Jedoch erinnert er sich weder an die damaligen Vorfälle, noch weiß er, wer er ist. Auf der Suche nach seiner wahren Identität kämpft er sich durch eine trostlose Welt, die sich gegen ihn verschworen hat.