Train Heartnet ist einer der berüchtigsten Assasinnen Chronos', einer Art Mafia-Organisation, welche so ziemlich die gesamte Welt kontrolliert.
Er soll kein Herz besitzen und so schnell und tödlich sein wie eine Katze, daher auch sein Codename "Black Cat" (= Schwarze Katze). Doch Train ist nicht gerade glücklich mit seinem Leben, doch dies erkennt er erst als er Saya trifft.
Saya - jung, hübsch, mutig und Sweeperin (Kopfgeldjägerin). Durch ihren Einfluss beginnt Train, selbständig zu denken. Warum sollte er töten, wenn er nicht töten will? Als er dann bei seinem nächsten Auftrag wieder jemanden eliminieren soll, es aber nicht tut, rufen ihn die Anführer der Organisation zu sich. Ihnen erklärt er, er wolle aufhören mit dem sinnlosen Morden... Eigentlich wäre dies sein Todesurteil. Doch er hatte nicht mit Creed gerechnet, einem Verräter Chronos'. Er ist um einiges gefährlicher für die Welt, sodass die Eliminierung Trains auf sich warten muss!
Doch was will Creed überhaupt von Train? Nun, er will ihn für seine eigenen Pläne haben, will mit ihm seine eigene Welt kreieren. Und er scheut auch nicht davor zurück, die unschuldige Saya zu töten, damit Train wieder so wird wie früher...
Wird Train ihn davon abhalten können? Mit seiner Organisation im Nacken?
Im weiteren Verlauf der Geschichte werden auch Sven, ein Kopfgeldjäger und Eve, ein kleines Mädchen, wichtig.