Aus einem teilweise verschrotteten Kopf eines weiblichen Cyborgs, baut der Mechaniker Ido mit anderen Schrottteilen einen neuen künstlichen Organismus. Er nennt sie Alita. Ohne Erinnerung an ihr früheres Leben, assistiert sie Ido in Schrottstadt. Eines Tages findet sie heraus, dass sie bisher ungeahnte Fähigkeiten im Kampf hat. Sie beschließt, Kopfgeldjägerin, ein sogenannter „Hunter Warrior“, zu werden. Aufgrund von verlustreichen Kämpfen erhält sie von Ido dafür einen neuen nahezu unbesiegbaren Körper, den er Berserker nennt und der angeblich aus dem Weltraum stammt. Mit ihren Kampfkünsten und den Fähigkeiten des Körpers bringt sie auch Kriminelle zur Strecke, vor denen andere Kopfgeldjäger zurückschrecken.