Die Geschichte von Babylon dreht sich um einen japanischen Staatsanwalt namens Zen Seizaki, der in Tokio lebt und Teil der dortigen Behörde ist. Während er sich eines Tages mit den illegalen Aktivitäten eines Pharmaunternehmens beschäftigt, stößt er auf eine Wahl für eine „neue autonome Zone“ im Westen Tokios. Doch wird Zen das Mysterium um diese Wahl beziehungsweise diese neue autonome Zone lösen können?