“B: The Beginning“ spielt in einer Zukunft, in der Wissenschaftler in der Hoffnung auf die Aufrechterhaltung des Friedens im Universum versucht haben, den „perfekten Menschen“ zu züchten. Nachdem sie ihr Ziel nach einigen Versuchen fast erreicht haben, wollen die Wissenschaftler ihre „neuen Menschen“ weiterem Training unterziehen. Doch dabei werden diese von einer bösen Vereinigung entführt, die ihre eigenen Vorstellungen einer neuen Weltordnung mit Gewalt durchzusetzen sucht.