Als eine geheime Sekte des Vatikans eine uralte Karte findet, auf der die Verstecke der vier Ecksteine der Bibliothek von Alexandria verzeichnet sind, liegt es an Flynn (Noah Wyle) und den Librarians, sie mit der Hilfe eines unerwarteten Verbündeten aufzuhalten, bevor die Steine eingesetzt werden können, um die Bücherei zu zerstören.