Der finstere Dr. Eggman will mit Hilfe der Chaos Emeralds seine Macht ausweiten, indem er einen von ihm konstruierten Energieverstärker mit ihrer Energie antreibt. Sonic versucht gemeinsam mit Amy und Tails, ihn mit allen Mitteln davon abzuhalten - doch dabei wird etwas von der ungeheuren Energie des Verstärkers freigesetzt, und Sonic wird in eine andere Galaxie geschleudert ...