Mit acht Orden ließ Rot die Siegesstraße hinter sich und erreichte das Indigo Plateau, wo er auf die Top Vier der Kanto-Region traf. Er kämpfte gegen sie und kann bis Siegfried bestehen. Im Kampf Lapras gegen Dragoran geht dann Rots Lapras als Sieger hervor. Nun muss er sich den aktuellen Champ der Pokémon Liga stellen: seinen Rivalen Blau!
Die Rivalen beginnen mit dem Kampf - Tauboga steht auf Blaus Seite, Blitza auf Rots. Im Laufe des Kampfes werden auch Simsala, Rihornior, Arkani, Kokowei und Turtok für Blau und Sichlor, Lapras, Dodri und Snobilikat für Rot zum Kämpfen gebraucht. Es entsteht ein sehr „ausgeglichener Kampf“, und schlussendlich stehen sich Blaus Turtok und Rots Glurak gegenüber. Blau erinnert Rot an den ersten Kampf Schiggy gegen Glumanda, und der Ausgang scheint nach einer Hydropumpe derselbe zu sein. Am Ende wendet sich das Blatt und Glurak gewinnt: Rot ist Champ!
Blau muss sich setzen und denkt nach. Als er dann geht, kommt Professor Eich, der Rot zum neuen Titel „Pokémon Liga-Champion“ gratuliert. Gekommen ist er für Blau, doch der verlor und er bittet Rot, ihm in die Ruhmeshalle zu folgen. Zuvor aber macht er Blau klar, dass er seinen Pokémon mehr Liebe entgegen bringen soll, um Rot gewachsen zu sein. Rot betritt mit dem Pokémon-Professor die Ruhmeshalle und sein Foto samt seinen Pokémon findet Platz neben den anderen Champs.
Rots Reise für die Vervollständigung des Pokédex schreitet fort. Am Weg begegnet er weiteren neuen Pokémon, die er fängt, um einen Pokédex-Eintrag zu verzeichnen. Er besucht die Safari-Zone, fängt die drei Vogel-Pokémon, Zapdos, Lavados und Arktos und kann schließlich Professor Eichs Labor besuchen, da er alle Pokémon besitzt. Jedoch betritt er nur ein leeres Labor, wo ihm die Assistentin mittteilt, dass Professor Eich bei Blau ist.
Rot stürmt in Blaus Zimmer, wo er neben seinem Großvater mit Verwundungen liegt. Auf Rots Frage, wie das passiert ist, antwortet Blau, dass in der Azuria-Höhle gegen ein Pokémon kämpfte. Im Kampf flog Turtok durch die Luft und auf seinen Trainer. Dabei nahm auch der Pokédex Schaden. Rot präsentiert den beiden seinen Pokédex mit „allen“ 149 Pokémon. Allerdings war das Pokémon, gegen das Pokémon, welches gegen Blau kämpfte, nicht vorhanden. Der Professor vermutet es ist das 150. Pokémon. Als Rot aufbrechen will, das Pokémon zu suchen, hält Blau ihn auf. Er solle nicht hingehen, weil das Pokémon einfach zu stark ist. Die Worte erinnerten Rot an irgendetwas...
Professor Eich schlägt Rot vor ins Labor zu kommen.
Im Pokémon-Club-Haus berichtet Reina Mr. Fuji über die Geschichten der Azuria-Höhle. Mr.Fuji sieht aus den Fenster und murmelt die Worte: „Also ist es noch am Leben!“.
Im Labor fragt Rot um die Mega-Steine, die Rot von Mr.Fuji bekommen hat. Auch der Professor weiß keinen Rat. Später denkt Rot beim Angeln, wo er schon mal von diesem mysteriösen Pokémon gehört hat. Es fällt ihm ein: im Pokémon-Haus. Sofort stürmt er zum Labor, dort erzählt er von Mr. Fujis Tagebuch auf der Zinnoberinsel. Professor Eich erklärt ihm, dass Mr. Fuji einst ein angesehener Wissenschaftler war, doch er versuchte ein starkes Pokémon künstlich herzustellen, weswegen er sein Ansehen verlor. Auch die Mega-Steine scheinen in diesem Zusammenhang zu stehen. Professor Eich untersuchte die Steine und fand heraus, dass sie auf Glurak reagieren, daher soll Rot den Stein Glurak geben.
Rot begibt sich zur Azuria-Höhle. Während Rot auf seinem Lapras die Höhle erforscht, erfährt Mr. Fuji von Reina von Rots Expedition. Rot dringt tief in die Höhle ein und sieht es: Mewtu! Das Pokémon, welches Blau besiegt hat. Reina und Mr. Fuji machen sich große Sorgen um Rot und hoffen darauf, dass Rot die Mega-Steine einsetzt. Inzwischen hat Rot mit seinem Gengar und Arktos gegen Mewtu gekämpft. Mewtu ist allen überlegen und nun liegt es an Glurak das starke Mewtu zu besiegen. Rot vertraut auf Glurak, währenddessen Mr. Fuji in Lavandia Reina von einer Legende der Kalos-Region erzählt, welche besagt, dass, wenn der Bund zwischen Trainer und Pokémon groß genug ist, eine Kraft frei wird.
Rot Kampf scheint aussichtslos, nachdem er und Glurak ins Wasser geschleudert werden. Allerdings erkennt Rot den Ehrgeiz in Glurak und es passiert - Glurak vollführt eine Mega-Entwicklung! Mewtu dreht sich siegessicher um und erzittert vor Mega-Glurak und dessen neuer Stärke. Ein Feuersturm und Mewtu ist geschwächt, trotzdem gelingt es Mewtu den Hyperball von Rot zu entkommen. Glurak kann einen Treffer nach dem anderen landen. Ein Megahieb schwächt Mewtu enorm und der Hyperball wird geworfen: einmal, zweimal, dreimal ... Mewtu ist Rots 150. Pokémon!
Als Rot, seine Mutter, Blau und Professor Eich gemeinsam am Tisch sitzen, erinnert sich Rot daran, dass Mewtu aus Mew entstanden ist. Dadurch wird ihm klar, dass er nur noch Mew fangen muss ergo nicht alle Pokémon aus Kanto gefangen hat. Mew fliegt - unbemerkt - draußen herum und verschwindet wieder.