14 Jahre sind seit dem Third Impact vergangen und während Shinji die Zeit im kryogenen Tiefschlaf im Weltall verbracht hat, hat sich auf der Erde so einiges verändert. Misato kämpft mit ihrer neu gegründeten Organisation WILLE gegen NERV, während Ikari den Fourth Impact auslösen will, um SEELEs oberstes Ziel zu erreichen. Shinji muss sich nun entscheiden, ob er an der Seite von Rei und Kaworu gegen seine alten Verbündeten kämpft oder den Plug Suit endgültig an den Nagel hängt und WILLE, NERV und die EVAs hinter sich lässt.