NERVs Computersystem MAGI kontrolliert und steuert nicht nur das gesamt Hauptquartier sondern auch ganz Neo Tokyo-3. Der Schreck ist entsprechend gross, als MAGI von einem Hacker angegriffen wird. Nichts im Vergleich zu dem allerdings, als sich herausstellt, dass der Hacker ein Engel ist. Ein Engel in Form von selbstreplizierenden, intelligenten, lernfähigen Nanomaschinen, gegen den die EVAs machtlos sind...