Ein Brief seines Vaters mit den dürren Worten "Komm! Gendou Ikari" hat Shinji nach Neo Tokyo-3 gebracht. Kaum angekommen gerät er in dem Kampf der UN mit einem riesigen Monster aus dem er nur knapp von einer jungen Frau gerettet werden kann. Sie stellt sich als Misato Katsuragi vor, und bringt ihn in das Hauptquartier von NERV, wo Shinji zum ersten Mal seit Jahren seinen Vater trifft. Dieser eröffnet ihm, dass er Shinji rufen liess, um im Kampf gegen das Monster den Roboter "Evangelion-01" zu steuern...