Pain, alias Nagato, erzählt Naruto seine Lebensgeschichte. Es sind einige Parallelen zu erkennen. Auch Nagatos Eltern mussten sterben, als er noch sehr klein war. Er hat sich alleine durchschlagen müssen und plötzlich Freunde gefunden – Konan und Yahiko, der ein gewisses Vorbild für Nagato wird. Nagato und Yahiko erkennen schnell, dass es auf der Welt kaum Frieden gibt, doch sie machen es sich zu ihrem Ziel, dauerhaften Frieden zu erreichen. Doch dazu müssen sie erst einmal große und mächtige Ninjas werden. Und so macht sich das Trio auf die Suche nach den drei legendären Sannin um von ihnen unterrichtet zu werden. Jiraiya nimmt sich ihrer an, doch nach der Ausbildung geraten die Drei erst Recht in Gefahr …