Naruto hat endlich Nagato gefunden, und möchte ihn nun für seine Taten zur Rede stellen. Und tatsächlich ist Nagato dazu bereit, seinem Widersacher die Bewegründe seines Handelns zu erklären. Er beginnt in seiner Kindheit, als Nagato mit seinen Eltern mitten im Kriegsgebiet lebt und eines Tages von zwei Kriegern überfallen wird. Nach dem Angriff irrt Nagato alleine durch das Land, bis er auf zwei andere Waisen, Konan und Yahiko, trifft und sich mit ihnen zusammen tut. Die drei Kinder verabscheuen den Krieg und beschließen, alles dafür zu tun, um irgendwann einmal so viel Macht zu haben, dem Leid dauerhaft ein Ende zu setzen …