Die Welt von Dinotopia ist im Ungleichgewicht. Die Sonnensteine erlöschen, und dadurch werden die Fleisch fressenden Dinosaurier immer aggressiver und greifen die Menschen an. Immer mehr Flüchtlinge aus den Provinzen kommen nach Waterfall-City. Karl, David und Marion machen sich auf, den Eingang zur ‚Welt im Inneren‘ zu finden, wo sich der Legende nach große Vorräte von Sonnensteinen befinden sollen. Doch sie finden den Eingang nicht und kommen nur knapp mit dem Leben davon, als sie dort auf eine Gruppe böser Riesenfledermäuse stoßen. Als sie zurückkehren, werden Karl und David verhaftet, weil sie nahezu jede Regel von Dinotopia verletzt haben. Sie werden unter Hausarrest gestellt. Cyrus Crabb sucht Karl und David auf und behauptet, den Weg in die ‚Welt im Inneren‘ zu kennen. Sie flüchten aus Waterfall City. Mit einem alten U-Boot machen sich die drei auf den Weg in die ‚Welt im Inneren‘. Hier in den unterirdischen Höhlen stoßen sie auf die Ursprünge der dinotopischen Kultur und finden die bisher unvollständige dinotopische 11. Regel, die lautet: ‚Finde das Licht!‘. Sie entdecken eine unwirkliche, leuchtende Höhle voll mit funkelnden Sonnensteinen. Sie laden die Steine ins U-Boot, doch der habgierige Cyrus will die Steine alleine für sich und flüchtet mit dem U-Boot. Er kommt allerdings nicht weit, da er von einem riesigen prähistorischen Fisch angegriffen und getötet wird. Karl und David, die alleine in der Höhle zurückblieben, trauen ihren Augen nicht, als plötzlich ihr tot geglaubter Vater Frank vor ihnen steht. Nach dem Flugzeugabsturz hat er hier in den unterirdischen Höhlen überlebt. Während Karl, David und ihr Vater einen Weg aus der ‚Welt im Inneren‘ suchen, hat der Hauptsonnenstein in Dinotopia komplett versagt. Waterfall City liegt im Dunkeln, und Hunderttausende von Flugsauriern schwärmen durch die Hauptstadt und zerstören alles, was sich ihnen in den Weg stellt. In der Stadt versammeln sich alle, um für ein