Einen Monat nach der Geburt ihres Kindes beschließt Sydney (Jennifer Garner), eine Pause als Agentin einzulegen. Doch Anna Espinosa (Gina Torres) gelingt mit der Hilfe von Kelly Peyton (Amy Acker) die Flucht aus dem Gefängnis. Anna erkennt sofort, dass sie Sydney über deren Freunde aus der Reserve locken kann. Also entführt sie Will (Bradley Cooper). Sydney setzt alle Hebel in Bewegung, um ihren Freund zu retten. Allerdings verfolgt Prophet Five ein größeres Ziel. Dafür benötigen sie eine DNA-Probe von Sydney ...